Управление Образовательным учреждением строится на принципах единоначалия и коллегиальности.
Единоличным исполнительным органом Образовательного учреждения является руководитель Образовательного учреждения – директор.
Образовательное учреждение имеет в своем составе филиалы:
- Рычковский филиал МБОУ «Северная СОШ №2», расположенный по адресу: 461668, Оренбургская область, Северный район, с. Рычково, ул. Молодежная, д. 1 «А»;
- Октябрьский филиал МБОУ «Северная СОШ №2», расположенный по адресу: 461669, Оренбургская область, Северный район, с. Октябрьское, ул. Молодежная, д. 25 А;
- Большедорожный филиал МБОУ «Северная СОШ №2», расположенный по адресу: 461667, Оренбургская область, Северный район, с. Большедорожное, ул. Молодежная, д. 83 «А»;
- Секретарский филиал МБОУ «Северная СОШ №2», расположенный по адресу: 461652, Оренбургская область, Северный район, с. Секретарка, ул. Школьная, д. 13;
